Das Generalsekretariat ist einerseits Stabsstelle der Finanzdirektorin und anderseits nimmt es jene Obliegenheiten der Finanzdirektion wahr, die nicht in den Aufgabenbereich einer ihrer Abteilungen fallen. Dabei kommt es mit praktisch allen Bereichen der staatlichen Tätigkeiten in Kontakt, einschliesslich jener der Rechtspflege sowie der Universität und der kantonalen Fachhochschulen.
Hauptaufgabe des Generalsekretariats ist die Unterstützung der Direktionsvorsteherin in ihrer Führungsaufgabe sowie die Koordination der Abteilungen. Hinzu kommt die fallweise Mitwirkung bei Abteilungsgeschäften, namentlich durch juristische Unterstützung. Einzelne Mitarbeitende des Generalsekretariates vertreten den Kanton oder die Finanzdirektion in verschiedenen Institutionen und arbeiten in Kommissionen und Arbeitsgruppen mit.
Das Generalsekretariat ist Versicherungsfachstelle des Kantons. Es schliesst für die gesamte Staatstätigkeit die Versicherungen ab und verwaltet die Policen. Ferner bearbeitet es alle Schadenersatzforderungen gegen den Staat sowohl in den versicherten als auch in den nicht versicherten Bereichen.
Dieser Fonds, früher Fonds für gemeinnützige Zwecke genannt, wird durch die Gewinne der Interkantonalen Landeslotterie und des Schweizer Zahlenlottos (SWISSLOS) geäufnet. Er ist bestimmt für Beiträge an wohltätige, gemeinnützige und kulturelle Organisationen. Das Generalsekretariat prüft in Absprache mit den fachlich kompetenten Verwaltungsabteilungen die Gesuche zuhanden des Regierungs- und Kantonsrates.
